অত্র বোর্ডের যাবতীয় কার্যক্রম বোর্ড কর্তৃক প্রণীত সংবিধান মুতাবেক পরিচালিত হচ্ছে। সেই মতে বোর্ডের সাধারণ পরিষদ, কার্যকরী পরিষদ ও উপদেষ্টা পরিষদ নামে তিনটি পরিষদই স্ব-স্ব দায়িত্ব সূচারুরূপে সম্পন্ন করে যাচ্ছে। বিশেষতঃ বোর্ড গঠনের শুরু থেকেই আল্লামা নুরুল ইসলাম ওলীপুরীকে সভাপতি ও মাওলানা আবু সালেহ সা‘দীকে সাধারণ সম্পাদক করে মোট ২৭ জন সদস্য সমন্বয়ে গঠিত হয়েছে এর কার্যকরী পরিষদ। যার সার্বক্ষণিক তত্ত্বাবধানে অত্র বোর্ড যথারীতি পরিচালিত হচ্ছে। বর্তমানে এ পরিষদের সদস্য সংখ্যা ৩৫ জনে উন্নীত হয়েছে।

বোর্ডের হিসাব-নিকাশের জন্য একজন হিসাব রক্ষক রয়েছেন। যাবতীয় আয় রশিদের মাধ্যমে ও ব্যয় ভাউচারের মাধ্যমে হয়ে থাকে। অর্থ বছর শেষে চার্টার্ড একাউন্ট্যান্টস কর্তৃক অডিট করিয়ে তাদের অডিট রিপোর্ট বোর্ডের অফিসে সংরক্ষিত রাখা হয় এবং তা প্রতি বছর বোর্ডের অন্তর্ভূক্ত মাদরাসাগুলিকে অবহিত করা হয় ।

বোর্ডের শুরু থেকে এ পর্যন্ত কিতাব বিভাগে ছফফে খামিছ, ছাদিছ ও ছামিন (৫ম, ৬ষ্ঠ ও ৮ম শ্রেণি) এই তিনটি স্তরে এবং হিফজ বিভাগে প্রথম ১৫ পারা, দ্বিতীয় ১৫ পারা ও তাকমীল এই তিন স্তরে চূড়ান্ত পরীক্ষা অনুষ্ঠিত হচ্ছে। উল্লেখ্য যে সুষ্ঠুভাবে পরীক্ষার কাজ আঞ্জাম দেয়ার জন্য ১৩ সদস্য বিশিষ্ট একটি ইমতোন কমিটি রয়েছে।

জাতীয় ও আন্তর্জাতিক পর্যায়ে ইসলাম ও মানবতা বিরোধী কার্যকলাপ ও অপতৎপরতার প্রতিবাদে অত্র কওমী মাদরাসা বোর্ড হবিগঞ্জ বলিষ্ঠ ভূমিকা ও পদক্ষেপ গ্রহণ করে যাচ্ছে। উদাহরণ স্বরূপ বিগত ২০১৬ ইংরেজী ৭ই আগস্ট রোজ রবিবার সন্ত্রাস ও জঙ্গিবাদের বিরুদ্ধে হবিগঞ্জ সদরসহ অন্যান্য উপজেলায় অত্র বোর্ডের উদ্যোগে মানববন্ধনের আয়োজন করা হয়। এতে বোর্ডের অন্তর্ভুক্ত সকল মাদরাসাই অংশগ্রহণ করে। এ সকল মানববন্ধনে বক্তাগণ প্রতিবাদীকণ্ঠে জোরালো বক্তব্যের মাধ্যমে প্রমাণ করেন যে কওমী মাদরাসার সাথে সন্ত্রাসবাদের কোন সম্পর্ক নেই। এরা দেশ, জাতি ও মানবতার শত্রু। এদের প্রতিরোধকল্পে সকলের সম্মিলিতভাবে প্রচেষ্টা চালানো অতি প্রয়োজন। অত:পর আমেরিকার প্রেসিডেন্ট ডোনাল্ড ট্রাম্প কর্তৃক ফিলিস্তিনের জেরুজালেমকে ইসরাঈলের রাজধানী ঘোষণা করার প্রতিবাদে বিগত ২০১৭ ইং সনের ১৮ ই ডিসেম্বর রোজ সোমবার সকাল ১০ ঘটিকায় অত্র বোর্ডের আয়োজনে হবিগঞ্জ পৌরসভা মাঠে সমাবেশ করতঃ হবিগঞ্জ জেলা শহরে এক বিক্ষোভ মিছিল অনুষ্ঠিত হয়। অধিকন্তু গত ১৫ই মার্চ ২০১৯ ইং শুক্রবার খৃস্টান সন্ত্রাসী বেন্টন ট্যারান্ট কর্তৃক নিউজিল্যান্ড মসজিদে ৫০ জন নামাযরত মুসল্লীকে শহীদ ও আরো অনেক মুসল্লীকে আহত করার প্রতিবাদে অত্র বোর্ডের উদ্যোগে বিগত ২০১৯ ইং সনের ২১ শে মার্চ রোজ বৃহস্পতিবার পৌরসভা মাঠেই সমাবেশ করে হবিগঞ্জ শহরে বিক্ষোভ মিছিল পদর্শন করার মাধ্যমে প্রমাণ করা হয় যে, ইসলাম ও মানবতা বিরোধী যে কোন অপতঃপরতা ও আগ্রাসী হামলার প্রতিবাদে অত্র বোর্ড সর্বদা সজাগ ও তৎপর রয়েছে।

১. চূড়ান্ত পরীক্ষা গ্রহণ। ২. বোর্ডের অন্তর্ভূক্ত মাদরাসাসমূহ পরিদর্শণ। ৩। মেধা তালিকা ও মুমতায প্রাপ্ত ছাত্রদের পুরষ্কার বিতরণী অনুষ্ঠান ও শিক্ষা সেমিনারের আয়োজন।